Grise fra Veterinærinstituttet

Opdateret procedure vedr. subtypning af svineinfluenza virus

tirsdag 13 mar 18
|

Kontakt

Charlotte Kristiane Hjulsager
Seniorrådgiver
DTU Veterinærinstituttet
35 88 66 26

Kontakt

Lars Erik Larsen
Professor
DTU Veterinærinstituttet
35 88 62 74

For at reducere risikoen for falsk negative resultater ved test for H1pdm09, vil DTU Veterinærinstituttet fremover teste med flere sæt primere og prober.  

Beskrivelse af proceduren
Den overordnede arbejdsgang ved påvisning og subtypning af influenza virus fra svin er illustreret i nedenstående figur. Der modtages næsesvabere, lungestykker eller spytprøver fra praktiserende dyrlæger. RNA ekstraheres fra de enkelte prøver og testes for influenza A virus med et real time RT-PCR assay, der påviser influenza A virus uanset subtypen. Influenzaviruspositive prøver bliver screenet for om virus har H1pdm09 varianten af HA-genet med et specifikt real time RT-PCR assay. Resultatet svares herefter ud til indsender. Denne del af proceduren udføres tidsmæssigt i forbindelse med modtagelse af prøven og svares ud indenfor få dage.

I regi af overvågningsprogrammet for svineinfluenza finansieret af fødevarestyrelsen, udvælges prøver til yderligere karakterisering ved subtypning med multiplex PCR analyse. Denne procedure foretages 1-2 gange om måneden og resultaterne præsenteres i anonymiseret form i den årlige rapport over svineinfluenza i Danmark. Påvises virus der er meget anderledes end de cirkulerende varianter, kontaktes indsender dog telefonisk.

I rapporten er der også en detaljeret beskrivelse af hvilke subtyper, der cirkulerer i danske svin samt proceduren i overvågningsprogrammet.

Ændringer iværksat fra den 5. marts 2018
I forbindelse med en specifik sag blev DTU Veterinærinstituttet opmærksom på at minimum én variant af de H1pdm09 virus, der cirkulerer i danske svin, er muteret i de områder, hvor primerne til H1pdm09 subtypnings PCR assayet binder. I den konkrete sag medførte dette, at real time RT-PCR testen specifik for H1pdm09 gav et negativ resultat, selvom det ved sekvensanalyse viste sig at virus var af subtypen H1pdm09. DTU Veterinærinstituttet har efterfølgende retrospektivt re-evalueret resultaterne af indsendelser fra de seneste tre måneder og har ikke fundet prøver, der er svaret ud med ukorrekt subtype.

For at reducere risikoen for falsk negative resultater, vil DTU Veterinærinstituttet fremover teste for H1pdm09 med flere sæt primere og prober. Da risikoen for falsk negative resultater er størst for prøver med lavt indhold af virus, vil prøver med Ct værdier over 30 i den generelle influenza påvisnings PCR test og som testes negativ for H1pdm09 i begge assays, fremover blive svaret ud som ”kan ikke subtypes”. I de tilfælde vil det være nødvendigt at indsende nye prøver til PCR for at få subtypen.

De mutationer, der er konstateret i den nye H1pdm09 variant, har betydning for subtypningtestens sensitivitet, men er i et område, der formodentligt ikke har betydning for om vaccinen beskytter mod denne variant.

Arbejdsgang fra modtagelse af prøver til endt analyse - svineinfluenza
Arbejdsgang fra modtagelse af prøver fra besætningerne til endt analyse for svineinfluenza virus.
Blå pile angiver processer der foregår i rutinediagnostikken. Grønne pile angiver processer der
varetages af forskningsafdelingen


http://www.vet.dtu.dk/nyheder/nyhed?id=121627ED-529A-4F9F-9A39-D36C0B8CBDCD
25 JUNI 2018