Gruppens forskning er koncentreret om patogenesen ved bakterielle infektionssygdomme, fortrinsvis luftvejs- og tarmlidelser hos husdyr. Infektioner, der også kan fungere delvist som model for humane sygdomme.
Et væsentligt område er at karakterisere den naturlige tarmflora hos svin, med henblik på at finde og teste alternativer til den traditionelle behandling med antibiotika samt forbedre dyrevelfærden. Der arbejdes desuden med at karakterisere andre mikrobielle samfund, som er tilstede ved digital dermatitis og børbetændelse hos kvæg.
Der benyttes molekylærbiologiske metoder som:
- PCR
- klonbiblioteker
- sekventering
- in situ hybridisering
- mikroarray
- T-RFLP
- RT-T-RFLP
- SARST
- Long-SAGE
- laser capture mikrodissektions mikroskopi
- konfocal laser scannings mikroskopi.
Aktiviteterne omfatter desuden udvikling og implementering af nye molekylærbiologiske teknikker til brug i forskning og diagnostik.
Faggruppen ledes af professor Mette Boye.